| 中支公司 | 医院名称 | 医院级别 |
| 阿克苏 | 阿克苏地区第一人民医院 | 二级甲等 |
| 阿克苏市兵团农一师阿拉尔医院（阿拉尔人民医院） | 二级甲等 | |
| 库车县人民医院 | 二级甲等 | |
| 温宿县人民医院 | 二级甲等 | |
| 新疆阿克苏阿瓦提县人民医院 | 二级甲等 | |
| 新疆兵团农一师医院 | 二级甲等 | |
| 巴州 | 巴音郭楞蒙古自治州人民医院 | 二级甲等 |
| 巴音郭楞州兵团农二师焉耆医院 | 二级甲等 | |
| 和静县人民医院 | 二级甲等 | |
| 库尔勒市第二人民医院（铁路医院） | 二级甲等 | |
| 库尔勒市第一人民医院 | 二级甲等 | |
| 新疆兵团农二师库尔勒医院 | 二级甲等 | |
| 新疆和硕县人民医院 | 二级甲等 | |
| 新疆尉犁县人民医院 | 二级甲等 | |
| 焉耆县人民医院 | 二级甲等 | |
| 中国人民解放军第二七三医院 | 二级甲等 | |
| 中国人民解放军第五四六医院 | 三级乙等 | |
| 中央驻库塔里木石油勘探开发指挥部职工医院 | 二级甲等 | |
| 博州 | 博州人民医院 | 二级甲等 |
| 独山子人民医院（独山子石化医院） | 二级甲等 | |
| 精河县人民医院 | 二级甲等 | |
| 温泉县人民医院 | 二级甲等 | |
| 新疆兵团农五师驻精河医院 | 二级甲等 | |
| 新疆生产建设兵团第五师医院（新疆兵团第五师医院） | 二级甲等 | |
| 昌吉 | 昌吉市人民医院 | 二级甲等 |
| 昌吉州人民医院 | 二级甲等 | |
| 昌吉州中医院 | 三级乙等 | |
| 呼图壁县人民医院 | 二级甲等 | |
| 吉木萨尔县人民医院 | 二级甲等 | |
| 玛纳斯县人民医院 | 二级 | |
| 农六师五家渠医院 | 二级甲等 | |
| 奇台县人民医院 | 二级甲等 | |
| 新疆兵团农六师奇台医院 | 二级 | |
| 新疆木垒哈萨克自治县人民医院 | 二级乙等 | |
| 新疆医科大学一附院昌吉分院（昌吉市第二人民医院） | 二级 | |
| 哈密 | 巴里坤县人民医院 | 二级甲等 |
| 哈密地区第二人民医院(原哈密铁路医院) | 二级甲等 | |
| 哈密地区中心医院 | 二级甲等 | |
| 哈密市人民医院 | 二级甲等 | |
| 新疆兵团哈管局红星医院 | 二级甲等 | |
| 新疆哈密吐哈石油医院 | 二级甲等 | |
| 喀什 | 喀什地区第二人民医院 | 二级甲等 |
| 喀什地区第一人民医院 | 二级甲等 | |
| 麦盖提县人民医院 | 二级甲等 | |
| 新疆喀什巴楚县人民医院 | 二级甲等 | |
| 新疆喀什伽师县人民医院 | 二级甲等 | |
| 新疆喀什莎车县人民医院 | 二级甲等 | |
| 新疆喀什泽普县人民医院 | 二级甲等 | |
| 新疆生产建设兵团第三师医院（农三师医院） | 二级甲等 | |
| 克拉玛依 | 克拉玛依市第二人民医院 | 二级甲等 |
| 克拉玛依市人民医院 | 二级甲等 | |
| 新疆石油管理局职工总医院〓克拉玛依市中心医院 | 三级甲等 | |
| 奎屯 | 奎屯兵团农七师医院 | 二级甲等 |
| 石河子 | 沙湾县人民医院 | 二级甲等 |
| 石河子兵团农八师一二一团职工医院 | 二级甲等 | |
| 石河子大学医学院第一附属医院 | 三级甲等 | |
| 石河子市人民医院 | 二级甲等 | |
| 塔城 | 额敏县人民医院 | 二级 |
| 塔城市人民医院 | 二级甲等 | |
| 托里县人民医院 | 二级 | |
| 乌苏市人民医院 | 二级甲等 | |
| 新疆塔兵团农九师医院 | 二级甲等 | |
| 新疆塔城地区人民医院 | 二级甲等 | |
| 裕民县人民医院 | 二级 | |
| 吐鲁番 | 鄯善县人民医院 | 二级甲等 |
| 吐鲁番市人民医院 | 二级甲等 | |
| 吐鲁番市第二人民医院 | 二级甲等 | |
| 托克逊县人民医院 | 二级甲等 | |
| 乌鲁木齐市第一人民医院北院(乌鲁木齐县人民医院) | 二级甲等 | |
| 新疆 | 阜康市人民医院 | 二级甲等 |
| 米东区人民医院 | 二级甲等 | |
| 乌鲁木齐市第一人民医院〓乌鲁木齐市儿童医院 | 二级甲等 | |
| 乌鲁木齐市妇幼保健院 | 三级乙等 | |
| 乌鲁木齐市友谊医院 | 三级甲等 | |
| 乌鲁木齐市中医院 | 三级乙等 | |
| 新疆八一钢铁公司医院（八钢医院） | 二级甲等 | |
| 新疆第二济困医院 | 二级 | |
| 新疆第一济困医院 | 二级甲等 | |
| 新疆煤矿总医院、自治区职业病医院、自治区职业病防治院 | 二级甲等 | |
| 新疆生产建设兵团总医院 | 三级甲等 | |
| 新疆维吾尔自治区人民医院 | 三级甲等 | |
| 新疆维吾尔自治区胸科医院 | 三级甲等 | |
| 新疆维吾尔自治区中医医院（含大十字部） | 三级甲等 | |
| 新疆乌鲁木齐石化总厂职工医院 | 二级甲等 | |
| 新疆心脑血管病医院 | 三级 | |
| 新疆医科大学第二附属医院 | 三级甲等 | |
| 新疆医科大学第六附属医院（新疆建工医院） | 二级甲等 | |
| 新疆医科大学第五附属医院 | 三级甲等 | |
| 新疆医科大学第一附属医院 | 三级甲等 | |
| 新疆医科大学附属肿瘤医院 | 三级甲等 | |
| 中国人民解放军第二十三医院 | 二级 | |
| 中国人民解放军第四七四医院 | 三级甲等 | |
| 中国人民解放军兰州军区乌鲁木齐总医院 | 三级甲等 | |
| 中国人民武装警察部队新疆总队医院 | 三级乙等 | |
| 中国石油天然气运输公司职工医院 | 二级 | |
| 伊犁 | 霍城县第一人民医院（霍城县江苏医院） | 二级甲等 |
| 霍城县中医院 | 二级甲等 | |
| 解放军第十一医院 | 二级 | |
| 新疆兵团农四师医院 | 二级甲等 | |
| 新疆察布查尔锡伯自治县人民医院 | 二级甲等 | |
| 新疆巩留县人民医院 | 二级 | |
| 新疆尼勒克县人民医院 | 二级 | |
| 新疆特克斯县人民医院 | 二级甲等 | |
| 新疆伊犁哈萨克自治州友谊医院 | 三级甲等 | |
| 新疆伊犁新源县人民医院 | 二级甲等 | |
| 新疆伊犁州奎屯医院 | 三级乙等 | |
| 伊犁州妇幼保健院 | 二级 | |
| 伊宁市人民医院 | 二级 | |
| 伊宁县人民医院 | 二级甲等 | |
| 昭苏县人民医院 | 二级甲等 |
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